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生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)大全

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常用數(shù)據(jù)庫(kù)

數(shù)據(jù)庫(kù)	網(wǎng)站	數(shù)據(jù)庫(kù)介紹
INSD綜合數(shù)據(jù)庫(kù)		國(guó)際核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、歐洲的EMBL和美國(guó)的GenBank三家各自建立和共同維護(hù)。
EMBL	http://www.ebi.ac.uk/embl.html	歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室的DNA和RNA序列庫(kù)。
NCBI	http://www.ncbi.nlm.nih.gov	國(guó)家生物技術(shù)信息中心（National Center for Biotechnology Information，簡(jiǎn)稱NCBI）是美國(guó)國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書館（NLM）的一部分。
DDBJ	http://www.ddbj.nig.ac.jp	日本核酸數(shù)據(jù)庫(kù)。
GSDB	http://www.ncgr.org/gsdb	GSDB是由美國(guó)國(guó)家基因組資源中心(NCGR)維護(hù)的DNA序列關(guān)系數(shù)據(jù)庫(kù)(Genome Sequence DataBase)。
TIGR DATAbase	http://www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html	世界上最大的cDNA數(shù)據(jù)庫(kù)，還有大量的EST序列和人類基因索引(HGI)
DNA序列數(shù)據(jù)庫(kù)		包括與DNA的復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、修復(fù)等有密切關(guān)系的蛋白質(zhì)因子。
BioSino	http://www.biosino.org/	BioSino是中國(guó)自主開(kāi)發(fā)的核酸序列公共數(shù)據(jù)庫(kù)。
CUTG	http://www.kazusa.or.jp/codon/	MM子使用頻度表。
EPD	http://www.epd.isb-sib.ch/	真核生物啟動(dòng)子數(shù)據(jù)庫(kù)（Eukaryotic Promotor Database）
TRANSFAC	http://transfac.gbf.de/TRANSFAC	真核生物基因表達(dá)調(diào)控因子的數(shù)據(jù)庫(kù)。
TRRD	http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/	真核生物基因組轉(zhuǎn)錄調(diào)控區(qū)數(shù)據(jù)庫(kù)。
OOTFD	http://www.ifti.org/	轉(zhuǎn)錄因子和基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)。
RepBase	http://www.girinst.org/~server/repbase.html	真核生物DNA中重復(fù)序列數(shù)據(jù)庫(kù)。
MicroSatellite	http://nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html	微衛(wèi)星重復(fù)序列數(shù)據(jù)庫(kù)。
ALU數(shù)據(jù)庫(kù)	http://ncbi.nlm.nih.gov(/pub/jmc/alu/)	ALU數(shù)據(jù)庫(kù)是人及其他靈長(zhǎng)類代表性的Alu重復(fù)片段。
Simple Repeats	http://ncbi.nlm.nih.gov	簡(jiǎn)單重復(fù)序列庫(kù)。
COMPEL	ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/)	復(fù)合元件數(shù)據(jù)庫(kù)。
MPDB	http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html	分子探針數(shù)據(jù)庫(kù)。
HvrBase	http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase/	HvrBase,靈長(zhǎng)類mtDNA調(diào)控區(qū)序列庫(kù)，主要是人的HVI和HVII兩個(gè)高變異區(qū)的序列。
PlantCARE	http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/	PlantCARE,植物順式作用(cis-acting)調(diào)控因子數(shù)據(jù)庫(kù)。
PLACE	http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/	PLACE是從文獻(xiàn)中搜集的植物順式作用調(diào)控元件DNA模體的數(shù)據(jù)庫(kù),只涉及維管植物。
Mendel數(shù)據(jù)庫(kù)	http://jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/	Mendel數(shù)據(jù)庫(kù),搜集植物STS和EST序列。
HOX Pro	http://spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html	HOX Pro同源異型盒(homeobox)基因數(shù)據(jù)庫(kù)。
OPD	http://www.cme.msu.edu/OPD/	寡核苷酸探針數(shù)據(jù)庫(kù)(Oligonucleotide Probe Database)
dbSTS	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/	序列標(biāo)記位點(diǎn)(Sequence Tagged Sites)數(shù)據(jù)庫(kù)。
dbEST	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/	dbEST.這是GenBank的重要組成部分,它包含若干物種的已表達(dá)的序列標(biāo)記信息.
AmmtDB	http://bio-www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB	AmmtDB,后生動(dòng)物線粒體DNA多序列聯(lián)配數(shù)據(jù)庫(kù),搜集了脊椎動(dòng)物線粒體中編碼蛋白質(zhì)和tRNA的多DNA序列對(duì)比數(shù)據(jù),以及哺乳動(dòng)物mtDNA主調(diào)控區(qū)序列聯(lián)配數(shù)據(jù).
HOVERGEN	http://acnuc.univ-lyon1.fr/	脊椎動(dòng)物同源基因數(shù)據(jù)庫(kù)(HOmologous VERtebrate GENes)
DNA結(jié)構(gòu)參數(shù)庫(kù)	ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library)
NUCLEOSOME	ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/	NUCLEOSOME數(shù)據(jù)庫(kù),收集實(shí)驗(yàn)測(cè)定的核小體數(shù)據(jù),用于預(yù)測(cè)DNA中與組蛋白八聚體結(jié)合的位點(diǎn).
SELEX_DB	http://www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/	SELEX_DB,隨機(jī)化序列庫(kù).
ASDB	http://hattrick.lbl.gov:8888/	交替剪接基因的數(shù)據(jù)庫(kù)
Intronerator	http://www.cse.ucse.edu/~kent/intronerator/	秀麗線蟲內(nèi)含子和交替剪接數(shù)據(jù)庫(kù)

摘自小木蟲 http://muchong.com/html/200603/196703.html

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